于食品腐坏的报告每天纷至沓来。显然，许多用于储藏食品和水的木桶有悖承诺地使用了新伐材。公爵是过于愤怒了，以至于没能回想起在他接手舰队的那个混乱无序的冬天，与其他人一样，承包商也已经倾尽全力。就制造桶板而言，这可能就是他们所能找到的最好的木料了。就在距离无敌舰队停靠拉科鲁尼亚的一年前，圣文森特角的上空正笼罩在德雷克引燃的篝火的烟幕之下。12 个月后，那些本应用来为无敌舰队制作桶板、保护食物和水的风干木材，已经化作了冷冷的灰烬。

在回顾了当前的情形后，公爵坐下来写了一封难以起笔的信函。他提醒最虔诚的天主教国王陛下，请他回想自己刚去里斯本接管舰队时，以及在此之前已经表达过的种种疑虑。某种程度上，这些不安来自一个事实，将王国的命运押注在一场力量对等的考验之上已然有违常理，更何况即使是一位乐观主义者也会认为，在里斯本集结的这支军事力量仅仅勉强能够达到担负任务的最低要求。现在，由于这场风暴驱散了舰队，他所能召集的军力更加大不如前，而且人们有很严肃的理由担心，在迷失的船只中，至少有一部分或则已经在恶劣的天气下葬身大海，或则已被法国和英国的海盗据为己有。他委婉地指出，这样一场海难不仅在这一年中最适于航行的月份 6 月降临，而且不偏不倚降临到为上帝的事业而起航的舰队头上，几乎让人难以置信。（过去六个礼拜中发生的种种灾祸和挫折似乎已经令公爵部分打消了求助于奇迹的意愿。）除了遗失的船只数量，他继续谈道，重新集合后的船舶也大都受到不同程度的损伤（信中封入了两类船只的详细清单），他现有的人力由于疾病侵袭而严重不足，食物和水的状况更是比自己所能预想的更加恶劣。纵观以上难处，梅迪纳·西多尼亚写道，同时考虑到帕尔马的报告，后者声称自己所能支配的有效战力还不足上年 10 月的一半，他恳请陛下再次考虑与英格兰议和是否毫无益处，或者将行动计划至少延迟至下一年是否胜算更大。

腓力的回复迅速而坚定。公爵应当竭尽所能匡救他所提及的弊端。其中的一些不足也许超出了可能弥补的范围，但他仍然必须承担出航的义务，哪怕这支舰队的战力达不到他的预期。无论如何，一有机会，他就应该立刻扬帆进击。至于自己此前的说明，他不会作出任何修改。

我们不知道哪一点更令人感到吃惊，是公爵信中流露的勇气和智慧，还是国王回复中洋溢着的盲目的自信。在那个西班牙的黄金年代，一位绅士主动建议解除自己对一场进攻的指挥权，无论他的内心有多么绝望，其中灌注的道德勇气都是非同寻常的，因为在那个世纪，勇于担负类似战事的指挥权才是司空见惯的。对于腓力领导的事业，从来没有人曾就局势向他提出过如此直截了当却又合乎情理的评估，更遑论再次重申这一观点了。怎奈这位审慎的国王已经变了，有超过一年的时间，他不曾对任何审慎的建议予以注意。眼下，他好像对一切都视若无睹，只顾高喊“前进，以上帝的名义！”，而他回复舰队指挥官的信函也仅仅是对这条指令的又一次重申罢了。

不过，腓力至少避免了日后一些历史学家犯下的错误。他没有将公爵的来信当作证据，认为梅迪纳·西多尼亚是傻瓜或懦夫，也完全没有因此就认为公爵不适合继续指挥。无敌舰队在拉科鲁尼亚的逗留不能为这种论调提供证据，也没有迹象表明舰队指挥官的下属持有这种想法。德·雷瓦归队后，公爵立刻召开了一次军事会议，但是他并没有将自己的疑虑告知众人。这是一群老兵，没有必要就显而易见的局势向他们多做评论。他只是就三个选项向大家征询了意见。舰队是该主动外出寻找迷失的船只，还是应当就此直奔英格兰，又或者最好继续在拉科鲁尼亚停泊，静待迷路者回归？他的军官们按照习惯，根据资历和辈分由卑到高一一作出答复，士兵和水手也按次序发表了看法。几乎所有人都一致赞成第三种选择。舰队最好继续待在拉科鲁尼亚，一边重新整修，一边尽可能地补充食物和水，并且寄希望于多数迷路的同伴能够早日归队。只有一位分队指挥官提出了异议。安达卢西亚分队的“将军”佩德罗·德·瓦尔德斯要求立刻启航，他认为几乎已无可能更换腐坏的食物，待得越久，局势只会越糟。他的意见同样得到了充分的记录，作为补充，他还给国王送去一封私人信函（那时的海军通信不需要“经过中间渠道”），信中重申了他的论据，并且直言对于自己的执拗可能冒犯舰队指挥官有所担心。不过即便如此，他在信中也丝毫没有流露出埋怨指挥官无能或怯懦的情绪。

舰队终于准备停当，此时距离那场风暴已经过去一个月，但是整体来看，推迟行程似乎是值得的。所有必不可少的修缮工作都已完成；有尽可能多的船只经过了倾侧检修、填补漏洞和涂油。从比斯开湾的各个港口找到了一些额外的食品，如饼干、咸鱼等，如果说近期的收获未能完全达到期望，至少食谱上的鲜肉、时蔬和新鲜面包节约了部分库存，并且使船员们的健康大受裨益。在公爵的紧急安排下，舰队在岸边为感染船热的病号设立了一座医院，借此控制住了一直威胁船员生命的疫情。士兵和水手的人数也得到增补，花名册上弄虚作假