希望长艇能赶来援救。他们冲出了房屋，大多数人逃到了海边。但让他们沮丧的是，长艇没有过来救他们，因为海况很差，长艇的水手不敢在惊涛骇浪中靠岸。武装暴民逼近过来。科雷亚被砍倒在地，“死者还有五十多人”，包括巴西的第一位编年史家佩罗·瓦斯·德·卡米尼亚和好几位方济各会修士，他们是“印度的第一批基督徒殉道者”。二十人走入海水，包括那位不知名的叙述者，“全都身负重伤”，“几乎溺死”，被拉上长艇，以及科雷亚的十一岁儿子安东尼奥。

卡布拉尔因为患病而虚弱无力，希望扎莫林立即为没有保护他的定居点而道歉。他等了一天，但扎莫林并没有道歉的意思。扎莫林显然不知道如何是好。卡布拉尔认为扎莫林的沉默是因为心怀歹意，他也相信扎莫林正在备战。二十四小时后，卡布拉尔开始报复。他命令俘获港内的十艘阿拉伯船只，屠杀船上的所有人。岸上的市民目睹这惨状，不禁毛骨悚然。

就这样，我们屠杀了五六百人，抓获躲藏在船舱内的二三十人，缴获舱内的商品；就这样，我们掳掠了这些船只，抢走了船上的货物。其中一艘船载着三头大象，我们把它们都杀掉吃肉，然后烧毁了全部九艘空船。[24]

卡布拉尔还不肯罢休。夜幕降临之后，他把自己的船只带到靠近海岸的地方，将火炮准备就绪。拂晓时分，他对卡利卡特进行了猛烈炮击。岸上有一些小型火炮开始还击，但葡萄牙人的炮火如排山倒海般猛烈。整整一天，炮弹雨点般落入城镇，摧毁了许多建筑，包括一些属于国王的房屋，并打死了他的一名显贵人士。扎莫林匆匆逃离城市，卡布拉尔也驾船离开，途中俘获并烧毁了另外两艘船，并沿着海岸线南下100英里，来到科钦城（今天的柯枝）。他得到的命令是，假如与扎莫林的谈判破产，就去拜访科钦。葡萄牙人与卡利卡特关系的最终破裂让双方都蒙受了损失并且怒火中烧。对卡利卡特城的炮击是当地人永远不能原谅的，而贸易站的葡萄牙人遭到屠杀，也是一桩大仇。这是为了印度洋的贸易与信仰而发生的漫长战争的第一炮。

卡布拉尔掌握的关于科钦城的信息可能来自加斯帕尔·达伽马。葡萄牙人知道，这座城市的君主是扎莫林的附庸，热切希望摆脱卡利卡特的桎梏，所以会欢迎新来者并与其结盟。葡萄牙人果然受到了热烈欢迎。双方交换了人质；每天都要交换两名高种姓印度教徒和两名葡萄牙人质，因为前者不能在海上进食或睡觉，所以人质是轮换的。两周后，卡布拉尔的船只装满了香料，他还同意在当地建立一个小的永久性贸易站。葡萄牙人还对马拉巴尔海岸有了更多了解。沿海的其他港口，如坎纳诺尔（今坎努尔）和奎隆都派来了使者，邀请其去做生意，并寻求结盟，共同反对扎莫林。也是在科钦，葡萄牙人第一次见到了真正的印度基督徒。从附近的克兰加努尔（今科东格阿尔卢尔）来了两名神父，约瑟和马太。他们来到葡萄牙船上，为这次会面欣喜若狂。这对葡萄牙人来说是一大宽慰，但他们也终于幡然醒悟，原来印度并非基督徒主宰的国度。他们开始真正了解到作为异教的印度教的存在与性质。两位神父告诉他们，在印度遵从圣多马教诲的基督徒远远不占多数，而是一个遭到异教徒围攻的少数派，沿海地区的几乎全部贸易都被穆斯林把持着。

在卡利卡特，扎莫林复仇心切。卡布拉尔得到消息，有一支拥有八十艘船的船队即将起航，准备在他返回的路上拦截他。科钦的国王提议派海军掩护他，但卡布拉尔对自己的火炮高度信任，谢绝了。他几乎旋即出海，丢下了在贸易站的人，还把两名印度人质也带走了。这两名可怜的人质在海上既不能吃，也不能喝。过了三天，连哄带骗，“他们才吃饭，带着极大的忧伤和悲痛”。[25]葡萄牙人对当地文化的漠视给他们与科钦的联盟关系投下了长长的阴影。十三年后，科钦国王在给曼努埃尔一世的一封投诉信里还回忆了此事，说他对葡萄牙人忠心耿耿，他们却忘恩负义。

卡布拉尔无须动武。他的船只武备强大，而扎莫林的船只害怕葡萄牙大炮，只敢在一段距离之外跟随，天黑之后就跟丢了。在更北方的沿海，坎纳诺尔国王恳求卡布拉尔停船并装载香料。他这么做既是为了保护自己免遭葡萄牙人炮击，也是真心希望与葡萄牙结盟反对卡利卡特。卡布拉尔的船队在此做了短暂停留，然后起航，穿越印度洋。

在漫漫归途中，船队是分成若干小组逐次前进的。在马林迪，他们遇到了一场商业灾难。由于操作鲁莽，一艘满载香料的船损失掉了；“船上的货物损失殆尽，水手们虽然逃得性命，但只剩下身上的衬衫。”[26]为了防止船上的货物被穆斯林拿走，他们放火焚烧船只残骸，但莫桑比克的潜水员还是打捞了一些火炮，后来用这些火炮对付葡萄牙人。

在里斯本，曼努埃尔一世相信，他赠给扎莫林的贵重礼物一定能确保友好地解决问题，因此已经派出了下一批远征队。3月，卡布拉尔的船只在艰难驶向好望角时，一支仅有四艘船的小型商船队在若昂·达·诺瓦指挥下离开了塔霍河。因为航程特别遥远，一支船队起航之后，要过整整两年时间才能返回，并将自己吸取的经验传授给下一支船队，使其能够顺利出发。一切都取决于季风的规律。每一年的