优越，是一个难对付的目标。苏丹知道讨厌的葡萄牙人会定期返回，所以已经加强了防御，建造了一座堡垒并部署了一些火炮。这些火炮是四年前达伽马船队损失的那艘船上的，被潜水员打捞了起来。一名皈依伊斯兰教的葡萄牙叛徒水手教会了蒙巴萨人如何操纵火炮。

当阿尔梅达船队逼近蒙巴萨岛时，这些大炮开始射击，命中了一艘葡萄牙船。但是，蒙巴萨人的成功转瞬即逝。葡萄牙人还击时，一发炮弹幸运地击中了堡垒的弹药库。穆斯林炮手仓皇逃离一片狼藉的炮兵阵地。阿尔梅达派人上岸，要求苏丹和平地臣服于葡萄牙国王，但得到的回复是一通葡萄牙语的滔滔不绝的咒骂，说他们是猪狗、吃猪肉的恶棍……蒙巴萨可不是基尔瓦，不是坐以待毙的小鸡。那名叛徒说得起劲，列举了他们即将面对的可怕障碍：四千名战士，包括五百名赤胆忠心的黑人弓箭手，城内还有更多火炮，另有两千人正在赶来支援。苏丹准备为保卫蒙巴萨打一场全面战争，阿尔梅达则更加坚决要将它拿下。

蒙巴萨岛

蒙巴萨城和基尔瓦相似，但规模更大也更宏伟。人口稠密的市中心是典型的阿拉伯露天市场，包括迷宫般错综复杂的小巷、死胡同和通道。有雄伟的石屋，有些是三层楼，但其他很多房屋是芦苇顶的木屋。阿尔梅达觉得这是个机会。他决定火攻蒙巴萨城，然后将其洗劫一空。一支葡萄牙队伍上岸，向房屋投掷火药罐。大火迅速蔓延，没过多久，城市的很大一部分就燃起熊熊大火。据编年史记载，

大火横扫全城，持续燃烧了整个下午和随后的整夜。这景象令人毛骨悚然，仿佛全城都着火了。大火造成的破坏极其严重，木屋被夷为平地，石头和砖瓦建的房屋也着火坍塌。大量财富就随着这些房屋，毁灭在大火之中。[13]

次日黎明前，大火还没有熄灭，阿尔梅达的军队从四面同时发动了进攻。他们遇到了顽强抵抗，很快陷入激烈的巷战之中。这些小巷极窄，两个人无法并肩行走。当地居民不分男女，都从阳台和屋顶向他们投掷石块和砖瓦，射箭和投射标枪，势头很猛，“我们的人没有时间用火枪射击”。[14]葡萄牙人被迫躲在墙后，从一个掩蔽处跳到另一个。

阿尔梅达已经认出了王宫，他的部下一边战斗，一边逼近王宫，一条街一条街地推进。斯瓦希里人在绝望的防御战中将狂野的大象驱赶到敌人当中，但这无济于事。攻击者接近王宫的时候，看到一大群衣着华丽的人匆匆逃走。那是苏丹及其亲信在逃跑。葡萄牙人冲进王宫，但发现里面空空荡荡。方济各会修士又一次竖立了十字架，并升起葡萄牙旗帜，同时呐喊：“葡萄牙！”

随后，抢劫开始了。一扇又一扇门被撞开，室内的物品和人都被掳到船上。蒙巴萨是斯瓦希里海岸的主要贸易中心，战利品相当丰厚，包括“大量十分精美的衣物，有丝绸和金线的，有地毯、鞍褥，尤其是一张无与伦比的精美地毯，后来它和许多其他贵重物品一起被送给了葡萄牙国王”。[15]为了防止士兵将财物占为己有，阿尔梅达尽量循序渐进地抢劫，加强对士兵的管理。每位船长都被分配了一个专门供他抢劫的区域；所有战利品都被搬走并分类整理，根据御旨分配下去：发现战利品的人将获得其价值的二十分之一。但在实践中，要想约束大肆掳掠的士兵是很难的。广大士兵远涉重洋来到东印度，不是为了传播基督教，也不是出于对国王的忠诚，而主要是为了自己发财。后来，曼努埃尔一世得知，假如要惩罚在蒙巴萨私藏战利品的人，那么阿尔梅达的军队就要损失大部分兵力了。一方面是普通士兵与贵族的私欲，另一方面是副王执行御旨的职责。在葡萄牙殖民冒险的几百年间，这两方面始终处于尖锐的对立状态。正直而廉洁的阿尔梅达看到士兵们明目张胆地违抗御旨，颇为愤怒，但他也没有办法阻止。

在距离城市有炮弹射程那么远的一片棕榈树林的掩护下，苏丹及其亲信观看着蒙巴萨遭到洗劫和焚烧。葡萄牙人精疲力竭，无法继续追击。和往常一样，双方的伤亡数字完全不成比例。街巷和房屋里躺着七百具穆斯林尸体。葡萄牙方面有五人死亡，不过伤员比较多。他们抓了两百名俘虏，“其中不少是肤色较白、容貌姣好的女人，还有很多十五岁及以下的女孩”。[16]

次日，苏丹认识到抵抗毫无意义，急于避免基尔瓦统治者的命运，于是给阿尔梅达送去了一个极大的银碟，作为和平的示意，并献城投降。为了表达善意，阿尔梅达释放了很多俘虏，并承诺保护所有返回城市的人的生命与财产安全。苏丹缴纳了高额贡金，以后要每年纳贡，并签订了一项和约，有效期为“只要日月尚存”。[17]8月23日，阿尔梅达离开了斯瓦希里海岸，留下一片血迹。延续了许多世纪的贸易体制如今在炮轰之下，屈服于葡萄牙了。

受到极大伤害的苏丹给他的老对手——马林迪国王写了一封言辞悲戚的信：

真主保佑你，萨义德·阿里。我要告诉你，一位强大的领主经过了这里，四处纵火。他残酷地强行闯入我的城市，没有饶恕任何人的生命，不论男女老少……不仅人被杀死和焚烧，就连天上的鸟儿也坠落到地面。在这座城市里，死人的恶臭迎面而来，让我不敢进城。没有人能够描述或估算出他们所掳走的不计其数的财富。[18]