匆赶工，夜间点着火把施工，用木板建造了一座要塞，用很多沉重的原木围绕着它，部署了许多火炮，在一个月内将其打造得非常牢固。”这是一个持续加固的过程：“要塞足够坚固之后，我们着手用石料建造另一座要塞。”参加工程的人肯定感到失望，因为总督拆除清真寺和房屋，掳来了足够多的石料。

用我们的后背把石料背到工地非常困难，所有人都是劳工、砌砖工和石匠……在无法忍受的酷热（因为此地位于赤道以北2度）中，我们一边劳动，一边始终携带武器。地势很低，沼泽丛生，有野兽出没，所以臭气熏天，空气非常不卫生。除了大米，我们没有任何吃的，于是我们全都病了……没有一个人不曾患上恐怖的热病，于是指挥官的兵营里有死尸停放两三天，因为找不到人手掩埋尸体。我在10月初病倒，一连发烧五十天，病势沉重，以至于我昏迷不醒。[25]

瘴气弥漫的环境、糟糕的饮食和疟疾打倒了许多葡萄牙人，以至于工程几乎无法继续下去。他们只得依赖当地劳工将工程继续推进。阿尔布开克也染上热病，寒战不止，但仍继续监督建设工程。

要塞工程、对反击的担忧和严重的疫病拖住了阿尔布开克的手脚。1511年年底，他必须决定是离开，还是在马六甲再滞留一年。阿尔布开克留下三百人和八艘船（配备了两百名船员）驻守马六甲。剩余三艘船，“海洋之花”号、“恩绍布雷加斯”号和“特林达迪”号将返回印度，运回大部分财宝。他还让十五人乘坐一艘俘获的平底船，由爪哇奴隶驾船。

“海洋之花”号是葡萄牙舰队中最宝贵的战船之一。它排水量400吨，是史上最大的克拉克帆船；装备四十门炮（分别在三层甲板上），拥有高耸的艉楼和艏楼；相对于印度洋上的阿拉伯三角帆船而言，它非常威武雄壮，是一座能向所有方向射击的浮动要塞。在第乌战役期间，它一天之内向埃及舰队发射了600枚炮弹，但它尺寸太大，在困难的情况下难以操纵，而且船龄太老了。前往印度的葡萄牙船只的平均寿命可能是四年；漫长旅途的煎熬和凿船虫的破坏会在很短时间内把坚固的木板化为木浆。到1512年时，“海洋之花”号已经在海上航行十年了。它漏水严重，需要持续不断地修补和抽水。阿尔布开克希望把它修葺一番，勉强支撑到科钦，然后在那里大修。但大家的共识是，这艘船已经成了一个死亡陷阱。离开马六甲的很多人直截了当地拒绝乘坐这艘船，只有总督坚定不移的自信让一些船员放下心来。因为它尺寸最大，所以运载了大部分财宝和很多伤病员，以及一些准备送给葡萄牙王后的奴隶。

恩波利乘坐“特林达迪”号，对后来发生的事情做了第一手记录。“就这样，我们出航了，在非常恶劣的天气条件下航行，因为即便我们于12月20日从马六甲出发去印度，也算很晚了。”他们实际的出发日期比这还晚一个月。出海六天后，这支小舰队遭遇了风暴。

凌晨三点左右，我们听到雷鸣般的巨响……我们的船进水4英寻。我们立刻落锚……风力极强，向海岸的方向猛吹。天亮之后，我们周围四五里格的范围尽是惊涛骇浪，因为我们在一个浅水区的中央。总司令的船位于水最浅的地方；一片巨浪猛击它的艏楼，把十六人卷入大海，全都淹死了。

“海洋之花”号深陷危境，严重漏水，而且因为载货太多、进入船体的水越来越重而难以动弹。为了熬过这场风暴，它必须落锚，但漏水太快，用水泵抽水也无济于事。据恩波利记载：“又是一片巨浪击中船体，打落了舵，于是它转向一侧，搁浅了。它立刻灌满了水，船员们集合到艉楼甲板，站在那里等候上帝的裁决。”[26]

弃船的时间到了。阿尔布开克命令将一些桅杆砍倒并捆绑起来，做成简易木筏。伤病员被送上一艘小艇，其他成员乘坐一艘划艇转移到木筏上。阿尔布开克腰间系着绳索，绳子另一端系在“海洋之花”号上。他亲自操纵小艇，来回接送船员，直到全体葡萄牙人都离开“海洋之花”号。他到最后的危急关头仍然严格执行纪律，命令所有人离船时只能穿着上衣和马裤；谁要是想拿走财物，就留下和船一起沉掉好了。至于奴隶，就自求多福吧。奴隶们跳海逃生，不会游泳的人就淹死了。有些奴隶抓住了木筏，但葡萄牙人用长枪逼迫他们，不准他们登上木筏，免得超重。在海上，生存始终是最重要的。在他们背后，“海洋之花”号断成两截，艉楼甲板和主桅还露出水面。小艇和木筏漂流了一夜，“他们的心跳到嗓子眼里，哀求上帝怜悯，直到黎明时分，风力减缓，大海略微平静了一些”。[27]

在黑夜的混乱中，更前方的“恩绍布雷加斯”号测了水深，决定挽救自己要紧，于是驶离“海洋之花”号的残骸。平底船上的奴隶抓住机会，杀死了葡萄牙主人，驾船逃走了，还带走了一大批贵重货物。只有“特林达迪”号比较接近海难地点，能够援救，但它也自身难保。据恩波利记载：“船已经触碰到海底，于是我们不得不扔掉甲板上的所有设备、火炮和部分香料，把我们自己的性命托付给上帝，因为我找不到其他的办法。跳海逃生是没有希望的，因为海域非常广袤。”[28]曙光初现，大海渐渐平静，他们辨认出了木筏，筏子上的人临时拼凑了一面旗帜，扎在长矛上