即位后，深知元英的军事才能不可多得，加之北魏亟需名将镇守边疆、经略南方，遂重新启用元英，恢复其尚书官职与广武伯爵位，令其代行徐州事务。

景明元年（500年）七月，南齐将军陈伯之侵犯淮南，彭城王元勰镇守寿阳，任命元英为镇南将军，率军讨伐。

元英率军驰援途中，魏军已击败陈伯之，他虽未直接参战，但仍以调度之功受命代行扬州事务，逐步恢复在朝中的地位。

这段由盛转衰、再获起用的经历，让元英更加沉稳审慎，也使其对南北战局的认识更为深刻。

景明三年（502年），萧衍废齐建梁，自立为帝，南齐灭亡，南梁建立。

此时南齐旧部人心浮动，南梁根基未稳，元英敏锐察觉到这是北魏南下扩张的绝佳时机，接连两次上表宣武帝，请求率军南伐。

在奏疏中，元英详细分析了南梁的局势：“南齐皇室争权夺位，内政不稳，义阳距北魏甚近，守军防备薄弱，粮草补给不继，此时进军犹如‘敌人把头伸到了自己刀下’”。

他请求率领三万大军征讨沔阴，进而攻取江陵，后又调整策略，力主先取义阳，认为义阳是南梁北方门户，攻克此地即可打开南下通道。

元英的奏疏言辞恳切，分析透彻，最终打动了宣武帝。

景明四年（503年）八月，宣武帝诏令元英为使持节、假镇南将军、都督征义阳诸军事，率军进攻义阳（今河南信阳）。

南梁司州刺史蔡道恭闻讯，派遣骁骑将军杨由率领城外三千多户民众，在城西南十里的贤首山构筑三层栅栏，与城内守军相互呼应，严密设防。

元英率军抵达后，即刻包围贤首山营垒，焚烧栅栏大门。

杨由驱赶水牛冲出营垒，试图冲击魏军阵型，元英令将士且战且退，避开水牛锋芒，同时分兵合围，切断营垒退路。

当天夜晚，营垒中民众不堪围困，斩杀杨由后开营投降，元英不费吹灰之力便攻占贤首山防线，且“投降百姓相安无事”，再度展现了其恩威并施的治军之道。

同年十一月，元英在白沙击败南梁将领吴子阳，斩杀俘获千余人，进一步扫清义阳外围守军。

正始元年（504年）三月，梁武帝萧衍派遣平西将军曹景宗、后将军王僧炳率领三万大军驰援义阳。

王僧炳统领二万人占据凿岘（今河南信阳南），曹景宗率领一万人紧随其后，形成犄角之势。

元英审时度势，采取分而击之的策略，派遣元逞、曹文敬攻打樊城作为牵制，自己则亲率主力迎战王僧炳，一战大破梁军，俘获斩杀四千余人。

随后，元英在士雅山构筑营垒，与曹景宗对峙，故意示弱，引诱梁军来攻。

梁将马仙琕率领一万余人果然率军偷袭魏军大营，元英令诸军佯败，将梁军诱至平坦地带后，伏兵四起。

魏军统军傅永擐甲执槊，单骑突阵，被箭矢洞穿左大腿后仍拔箭再战，极大地鼓舞了魏军士气。

马仙琕军猝不及防，溃败奔逃，魏军乘胜追击，斩杀梁军羽林监军邓终年及两千三百余人。

不久后，马仙琕再度率领一万余人来战，元英统领诸将分兵出击，再次大败梁军，斩杀将领陈秀之，统军王买奴另攻下东岭梁军阵地，斩杀五百余人。

曹景宗、马仙琕见义阳危急，尽率精锐与魏军决战，双方一日三战，梁军皆大败而归。

此时义阳守将蔡道恭病逝，其从弟蔡灵恩代行州事，守城将士士气低落，战力锐减。

元英趁机加紧攻城，短兵相接，昼夜不息。

蔡灵恩见援兵无望、守城力竭，最终开城投降。

义阳周边的三关守将听闻司州陷落，纷纷弃城而逃，魏军一举攻克义阳及三关，彻底打开了南进的通道。

此役是元英军事生涯的巅峰之作，他主攻方向明确，战术灵活多变，巧用诱敌、伏击、分击等战法，屡破梁军，展现了卓越的战略眼光与指挥艺术。

宣武帝大喜过望，不仅恢复了元英的封爵，更改封其为中山王，食邑一千户，不久后又增封一千户。

元英押送蔡灵恩等数十名南梁重要官员至京城，宣武帝亲自接见，对其大加褒奖慰劳，元英的权势与声望达到顶峰。

正始三年（506年）四月，宣武帝诏令元英为使持节、散骑常侍、征南将军、都督扬徐二道诸军事，率领十万大军讨伐南梁，赋予其“依照军事实际需要自行决断行军方案”的全权。

此时南梁武帝萧衍也发动大规模北伐，以临川王萧宏为都督北讨诸军事，率领大军进驻洛口，南北双方展开了一场规模空前的战略决战。

初期战局对魏军极为有利，萧宏怯懦无能，在攻陷梁城后便驻步不前，甚至因一场暴风雨临阵脱逃，导致南梁主力士气崩溃，溃逃死伤近五万人。

元英抓住战机，率领魏军一路南下，连克四十余城，攻陷马头（今安徽蚌埠马城）后，直逼淮河南岸的钟离城（今安徽凤阳东北）。

钟离城是南北交通要冲，北临淮水，易守难攻，南梁守将昌义之仅率三千守军顽强抵抗。

元英与北魏名将杨大眼会合，兵力达数十万之众，对钟离城形成合围。

为攻克这座坚城，元英下令在淮水中的邵阳洲两岸搭建跨河长桥，元英驻军南岸负责攻城，杨大眼据北岸负责粮运补给，萧宝夤则守护桥梁畅通，形成了“水陆联动、持续强攻”的作战部署。

魏军以车运泥土填平城周沟堑，用冲车撞击城壁，采用车轮战法昼夜猛攻，但昌义之率领守军顽强抵抗，