新的难题，他是文人出身，平生没跟军旅打过交道。对着《孙子兵法》，《唐李问对》过过嘴瘾还可以，真讲究起来却拿着这两三万人没有办法，手下章旷，傅上瑞等辈动辄以名将自居，训来训去把“督标”竟训成了乌合之众。无奈之下还要自我安慰，号称从此必能“壮威制胜”。然而为了供养这凭空而来的十数万大军，湖南田税预征到一年之后，六倍以上。全湘百姓因此民尽财穷，苦不堪言。王夫之记载：“何腾蛟既奉便宜之命，骤加派义饷，兼预征一年民田税，每亩至六倍以上。不足，则开饷官、饷生之例，郡邑长吏皆以赀为进退；又不足，则开募奸人告密，讦殷富罚饷，朝宣、先璧、承胤皆效之。湖南民展转蔓延，死亡过半。”硬生生把湖广的民心逼到了原本非常不得人心的满清一边。

第三点：挑起内衅丧失了1648年李成栋反正后在再次立足两湖的大好时机。

1648年正月江西金声桓、王得仁和同年四月广东李成栋的反正，是永历朝廷的一大转机。虽然最后因为金、王用兵方向的不当和李成栋援救江西不力，导致局势逆转。但是，就整个南明复兴事业而言，关键却在湖南战场。这是因为：首先，在金声桓、王得仁以江西反正之后，满清惟恐长江中、下游有失，急忙命令孔有德、耿仲明、尚可喜大汉奸带领军队撤回湖北汉阳，湖南只留下总兵徐勇守长沙、总兵马蛟麟守辰州、总兵张国柱守衡州，此外就是广西巡抚李懋祖和总兵余世忠据守广西全州到湖南永州一带，兵力单薄，永历政权可以投入湖南的兵力远远超过当地满清军队。其次，永历朝如果能够趁清军主力撤离湖南的机会一举收复全省，在战略上将使湘、赣、粤、桂连成一片，既便于互相呼应支持，又可以为进一步扩大战果奠定基础。第三，在金、王、李等人分别在广东广西进行反清复明以前，永历君臣局促于广西部分府州，威望大损，如果能够凭借自身力量收复湖南，必将提高朝廷的声望和地位。然而，南明在湖南战场上却一误再误，坐失事机，罪魁祸首就是督师何腾蛟。

1648年四月，堵胤锡、马进忠利用孔有德等三大汉奸的兵马撤出湖南的机会，于十八日在今湖南慈利县、大庸县出发，二十四日收复了常德。一度降清的将领陈友龙也在靖州宣布反清复明（陈友龙原来是刘承胤的部将，刘承胤以武冈降清时，他受制于主将被迫降清）。此后他的军队围攻靖州，贵州巡抚派兵出城迎战被击败后逃往宝庆，随后，陈友龙派兵进入贵州黎平府，活捉会同县清知县宋云梯。陈友龙部攻克武冈州，清副将贺云、知州何衡泗被杀。八月初五日，陈军又攻克宝庆府（府治邵阳）。正当湖南局势对南明处于极为有利的情况时，原先负有丢掉几乎湖南全境的罪责，一直龟缩于广西桂林的何腾蛟却急不可耐地妄图窃取“复湘”首功。他带领曹志建、卢鼎等军队尾随清军进攻永州，余世忠等据城阻击。尽管何腾蛟位高兵多，却庸懦无能，顿兵永州城下，久攻不克。他眼看堵胤锡部已经收复常德，陈友龙部连克靖州、武冈、宝庆等地，复湘大功很可能落入他人之手，竟不择手段地加以破坏。

陈友龙反正以后，先后占领靖州、黎平、武冈、新化、宝庆，同收复常德地区的堵胤锡、马进忠部互相呼应，大有一举拿下长沙之势。何腾蛟为了泄私愤（当时陈友龙本不情愿随着长官刘承胤投降满清，清方为了使他死心塌地跟随自己，故意责令他带兵进攻何腾蛟的老家并俘虏了何的家属，因为何腾蛟非常恨陈友龙）、争头功，竟然指使南安侯郝永忠率部由柳州北上靖州地区偷袭陈友龙部。郝永忠以借道靖州恢复辰州为名，突然对陈友龙部发起攻击；陈友龙无论如何也想不到自己的后防竟会被友军抄袭，猝不及防之下全军大溃，一气退回广西，从此一蹶不振。陈友龙军既在何腾蛟挑起的内战中被打垮，不仅趁胜进攻长沙的计划破灭，宝庆府也被清总兵张国柱、参将魏守职重新占领。何腾蛟导演的南明军队自相火并，使湖南清军得以喘息。打了很久以后，何腾蛟指挥的军队才攻下永州，然后再次占领宝庆，延误了收复全湘、东救江西金声桓、王得仁的时间，后果十分严重。

第四点：不顾大局，何腾蛟亲手安排出这样一场同室操戈的好戏后，欣欣然自以为得计，于是好整以暇的指挥军队攻下永州，进占宝庆。同时连番飞章告捷，自称功勋卓著，克服长沙必然指日可待。没想到虎踞湘西的堵胤锡不能体察何督师之苦心，竟然又亲赴夔东力请忠贞营李过率部南下助攻长沙，李过慨然应允，发大兵经常德南下，一路上势如破竹，很快就对长沙形成合围之势，长沙城虽城高池深，然而守城清军只有三千多人，在李过亲自督兵昼夜猛攻之下伤亡惨重，守将徐勇在城头督战时也被李过一箭射倒，重伤不醒。眼看长沙旦夕将破，堵胤锡也颇为得意地说：长沙自“督辅（何腾蛟）失之，我为复之，不亦善乎。”何腾蛟听到此话后妒火中烧，竟然不顾大局，利用督师的身份强行下令，以援助金声桓为借口将即将攻破长沙的李过调赴江西。这一举措，对困守围城的清军来说，无疑是救命的甘霖，而对南明来说，好不容易获得的局部优势再次如儿戏一般断送了。

何腾蛟赶走李过，以