为长沙已是自己囊中之物了。他仍重操当初下永州，宝庆的故智，一路上慢吞吞的向长沙进军。那里知道战场形势瞬息万变，此时清军派出的援湘大军正在郑亲王济尔哈朗统帅下迎面扑来，何腾蛟向来缺乏统兵驭将的才能，在消息传来后，何亲自节制的南明军各部纷纷溃逃。何腾蛟无可奈何之际，只好上疏永历朝廷称“湖南千里一空，前恢复诸城一旦尽弃，引罪自劾。”1649年，清军一路上没有遇到任何抵抗即顺利抵达何腾蛟驻节的湘潭城下，与何同在的明将马进忠见清军势大，撇下腾蛟率部南逃。何腾蛟成了光杆司令，落入清军手中。

何腾蛟被俘后，清军一再劝他投降，都被严词拒绝，终于在正月二十七日被杀害于湘潭流水桥旁。据汪辉《湘上痴脱离实录》记载，何腾蛟就义前“惟举手拍地，呼：‘可惜！’两掌皆碎”何腾蛟所谓的可惜是指什么，无人能知。或者是痛悔自己在抗清决策中的一再失误，还是内疚因私心自用而陷隆武于死地；或者是痛悔因一己偏私而败坏大局，还者是叹息大好局面竟然功败垂成。后世之人也无从揣测了。然而他内心的追悔莫及之情却是显而易见的。何腾蛟向来以兴王济世为己任，然而在危亡之时却一误再误，致使大局败坏。在南明史上他与史可法一样，都以临死不屈的坚贞气节著称，在今天尚为人们所景仰称道，然而何腾蛟内心，恐怕留下的却只有深深的悔意吧。

笔者总结：很多史书都大肆鼓吹何腾蛟和史可法，将他们说成是南明的顶梁柱，妒贤忌能、误国误民的何腾蛟一直被推崇为正人君子，描写成支撑南明政权的擎天大柱。其实正是这些人的毫无眼光导致了南明多次丧失大好机会。虽然对于何腾蛟、史可法等被俘后不肯投降的气节要予以肯定，但作为南明政界高层而言，这些人根本就不合格。事实上南明真正有眼光的是堵胤锡，正是此人开始了促成了南明同农民军的联合，从而使得南明政权能长达20多年之久。虽然南明和农民军的第一次合作是何腾蛟和堵胤锡一起促成和李自成侄儿李过的联合。但两人的出发点不同，何腾蛟是主张抗清的，但对农民军又怀有深刻的敌意，只是在自己的官军打不过大顺军的情况下才被迫达成联合抗清的协议，所以其“合营”协议是被迫的，“合营”以后就想方设法加以排挤。而堵胤锡是从大局着眼，认识到只有联合农民军共同抗清才有中兴之望。当他得知大顺军各部屯集荆州、澧州一带时，就亲自赶赴湖北荆州地区的草坪李锦等的大营中谈判会盟事宜，堵胤锡后来基本上都是积极支持大顺军的抗清行动，堵胤