强项令”董宣，他的一大“爱好”恐怕就是打击危害地方的豪强势力，上至长沙吉王府，下至地方盗匪，只要敢于为非作歹，跟堵胤锡作对者无一不被痛打得抱头鼠窜。因而结怨甚多。时任南京兵部尚书的史可法为此专门接见过他，一见之下即许堵胤锡为当世国士，并委以长沙监军之职。尚未到任，北京陷落的消息传来，福王朱由崧在南京即位。堵胤锡也升任按察司副使，提督湖广通省学政。由监察地方军事改为主管全省教育工作。动荡时期教育事业看似无关紧要，堵胤锡却深知乱世中培养人才的重要性，他全面改革湖广的科举制度，主张将文武合二为一，每科选试分“德行政绩言品”、“制义策论”、“韬略骑射”三场进行。以德行政绩为本，通文武治略者为全才；文武通一者为兼才，只有行绩而文武俱荒疏者为偏才。士子通过三试，量才使用。这种举措自然是应变备战的临时性措施，然而也打破了陈腐的科举八股选拔制度，颇有一点大力推行素质教育的味道。

堵胤锡虽改任学政，但却时时不忘武备，他在民间招募抗清志士，亲自考核其胆气和勇力，前后招募3000人，号为君子营，取越王勾践君子六千之意，不叫兵卒而称为君子，以示尊重激励，舍身为国之意。在明末官场上，堵胤锡以学使之职插手军政事务，自然为时人所侧目，被看作异类。然而堵胤锡志大才雄，行事敢作敢为，自不会为陈腐的条条框框所束缚。他亲自训练士卒，讲解战术，也锻炼出自己带兵打仗的实际作战能力。反观当时明季高官之中，坚持气节，忠贞为国之人也大有人在，可惜多数人都是不知实务，不通军政的酸腐守旧之辈。他们日常以气节高峻自诩，危机时刻却往往因目光短浅，眼高手低而败坏大局。“平时袖手谈心性，拼将一死报君王。”是他们的最好写照，然而平心而论，这样的“自我牺牲精神”于国于民，又有多大的益处呢？

1645年8月，堵胤锡在湖广总督何腾蛟的推荐下，被任为都察院右佥都御史，实授湖广巡抚，开府常德，担负防御湖北前线的重任。当年五月，李自成败死湖北通城县九宫山，余部约30万人由高夫人、李锦、高一功率领屯兵常德府澧州。大顺军因缺乏物资，主动要求与何腾蛟合作抗清，何腾蛟却对农民军极端仇视，后来因为实力较弱，才迫不得已和大顺军达成“合营”协议，但又处处刁难分化大顺军，一心把他们挤出湖南而后快。而堵胤锡的战略眼光无疑要远高出何腾蛟，他深知当