很久才立他。

姑臧发生大饥荒，一斗米值五千钱，出现了人吃人的现象，饿死的有十多万人。城门白天都关着，打柴的路也断了，百姓请求出城当胡人的奴婢，每天有几百人，吕隆讨厌他们动摇人心，把他们全都活埋了，路上堆满了尸体。沮渠蒙逊带兵攻打姑臧，吕隆派使者向河西王利鹿孤求救，利鹿孤派广武公秃发傉檀率领一万骑兵去救援，还没到，吕隆就打败了沮渠蒙逊的军队，沮渠蒙逊请求和吕隆结盟，留下一万多斛粮食送给吕隆，然后回去了。秃发傉檀到了昌松，听说沮渠蒙逊已经撤退，就迁徙了泽段冢的五百多户人家回去了。

中散骑常侍张融对利鹿孤说：“焦朗兄弟占据魏安，暗中勾结姚氏，多次反复无常，现在不消灭他们，以后必定会成为朝廷的祸患。”利鹿孤派秃发傉檀去讨伐，焦朗反绑着自己出城投降，秃发傉檀把他送到西平，把他的百姓迁到乐都。

桓玄从江陵出发，担心事情不成功，常常做着向西退回的打算。等过了寻阳，没见到朝廷的军队，心里很高兴，将士们的士气也振作起来。庾楷的谋划泄露，桓玄把他关了起来。丁巳日，朝廷下诏派齐王司马柔之拿着驺虞幡去宣告荆、江二州，让桓玄罢兵；桓玄的前锋杀了司马柔之。司马柔之是司马宗的儿子。

丁卯日，桓玄到了姑孰，派部将冯该等人攻打历阳，襄城太守司马休之坚守城池。桓玄的军队截断了洞浦，烧毁了豫州的战船。豫州刺史谯王司马尚之率领九千步兵在浦上列阵，派武都太守杨秋驻守横江，杨秋向桓玄的军队投降了。司马尚之的部众溃散，他逃到涂中，被桓玄抓住了。司马休之出战失败，弃城逃走。

刘牢之向来讨厌骠骑大将军司马元显，担心桓玄被消灭后，司马元显会更加骄横，又怕自己功劳名声太大，不被司马元显容忍，而且他自恃有才能武力，拥有强大的军队，想借着桓玄的力量除掉执政者，再找机会除掉桓玄，自己掌权，所以不肯讨伐桓玄。司马元显整天喝酒昏睡，任命刘牢之为前锋。刘牢之多次去登门拜访，都见不到他，直到皇帝出来为司马元显饯行时，才在公开场合见了一面。

刘牢之的军队驻扎在溧洲，参军刘裕请求攻打桓玄，刘牢之不同意。桓玄派刘牢之的族舅何穆劝刘牢之说：“自古以来，拥有震慑君主的威望、立下无法赏赐的功劳，却能保全自己的人，有谁呢？越国的文种，秦国的白起，汉朝的韩信，都为贤明的君主效力，尽力做事，功成之后，还免不了被诛杀，何况是被凶狠愚蠢的人利用呢！您现在如果打胜仗，会让家族倾覆；打败仗，也会让家族灭亡，想靠这样求得安稳，可能吗！不如改变主意，这样就能长久保住富贵了。古人中，管仲射中齐桓公的带钩、寺人披砍断晋文公的衣袖，后来还能成为辅佐大臣，何况我和您没有过去的怨恨呢！”当时谯王司马尚之已经战败，人心更加恐慌，刘牢之很赞同何穆的话，和桓玄暗中勾结。东海中尉、东海人何无忌是刘牢之的外甥，和刘裕极力劝谏，刘牢之不听。他的儿子、骠骑从事中郎刘敬宣劝谏说：“现在国家衰弱危急，天下的重任在您和桓玄身上。桓玄凭借父亲、叔父的资本，占据了整个楚地，割据了晋国三分之二的地盘，一旦放纵他侵犯朝廷，等他威望建立起来，恐怕就难对付了，董卓那样的祸乱，就要在现在发生了。”刘牢之生气地说：“我难道不知道吗！现在收拾桓玄易如反掌；但平定桓玄之后，让我怎么对付骠骑大将军（司马元显）呢！”三月乙巳朔日，刘牢之派刘敬宣去见桓玄，请求投降。桓玄暗中想杀刘牢之，却和刘敬宣一起宴饮，拿出名书画一起观赏，来安抚他；刘敬宣没察觉，桓玄的部下没有不互相看着偷笑的。桓玄暂任刘敬宣为咨议参军。

司马元显将要出发，听说桓玄已经到了新亭，就弃船退到国子学驻扎。辛未日，他在宣阳门外列阵。军中互相惊扰，说桓玄已经到了南桁，司马元显带兵想回皇宫。桓玄派人拔刀跟在后面大喊：“放下武器！”士兵们全都溃散，司马元显骑马逃进东府，只有张法顺一个人骑马跟着他。司马元显向司马道子问计，司马道子只是对着他哭。桓玄派太傅从事中郎毛泰抓住司马元显，送到新亭，把他绑在船前数落他。司马元显说：“我是被王诞、张法顺耽误了啊。”

壬申日，恢复隆安年号，皇帝派侍中到安乐渚慰劳桓玄。桓玄进入京城，假传诏书解除戒严，任命自己总管各种政务、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，兼任徐、荆、江三州刺史，赐给黄钺。桓玄任命桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹。

当初，桓玄起兵时，侍中王谧奉朝廷诏令去见桓玄，桓玄对他以礼相待。等桓玄辅佐朝政后，就任命王谧为中书令。王谧是王导的孙子。新安太守殷仲文是殷觊的弟弟，桓玄的姐姐是殷仲文的妻子。殷仲文听说桓玄攻下京城，就放弃郡城投奔桓玄，桓玄任命他为咨议参军。刘迈去见桓玄，桓玄说：“你不怕死，还敢来见我？”刘迈说：“管仲射中齐桓公的带钩、寺人披砍断晋文公的衣袖，再加上我，就是第三个（不计前嫌的例子）。”桓玄很高兴，任命他为参军。

癸酉日，有关部门上奏说会稽王司马道子酗酒放纵、不孝顺，应当处死刑，朝廷下诏