把他流放到安成郡；在建康的街市上斩杀了司马元显及东海王司马彦璋、谯王司马尚之、庾楷、张法顺、毛泰等人。桓修为王诞极力求情，王诞得以被流放到岭南。

桓玄任命刘牢之为会稽内史。刘牢之说：“才刚开始，就夺走我的兵权，灾祸要来了！”刘敬宣请求回去劝说刘牢之，让他接受任命，桓玄派他去了。刘敬宣劝刘牢之袭击桓玄，刘牢之犹豫不决，把军队转移到班渎驻扎，私下对刘裕说：“现在我要向北到广陵去投靠高雅之，起兵匡扶朝廷，你能跟我一起去吗？”刘裕说：“将军您率领几万精兵，望风投降，桓玄刚得势，威震天下，朝廷内外的人心都已归附他，广陵哪能去得了呢！我还是回京口当老百姓去吧。”何无忌对刘裕说：“我该去哪里呢？”刘裕说：“我看镇北将军（刘牢之）肯定免不了灾祸，你可以跟我回京口。桓玄如果能恪守臣子的本分，我就和你侍奉他；不然，我就和你一起对付他。”

于是刘牢之召集手下僚属，商议占据江北讨伐桓玄。参军刘袭说：“最不能做的事就是反叛。将军往年反叛王兖州（王恭），近日反叛司马郎君（司马元显），现在又要反叛桓公（桓玄）；一个人三次反叛，怎么能立足呢！”说完，起身就走，手下官吏也大多散去。刘牢之害怕了，派刘敬宣去京口接家人；刘敬宣超过约定时间还没回来，刘牢之以为事情已经泄露，自己被桓玄杀了，就率领部下向北逃，到了新洲，上吊自杀了。刘敬宣赶到后，来不及哭，就渡过长江逃到广陵。将领官吏一起收殓了刘牢之的尸体，把灵柩送回丹徒。桓玄下令劈开棺材，砍下他的头，把尸体暴露在街市上。

朝廷大赦天下，改年号为大亨。

桓玄辞去丞相及荆、江、徐三州刺史的职务，改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、兼豫州刺史，总管各种政务；任命琅邪王司马德文为太宰。

司马休之、刘敬宣、高雅之都逃到洛阳，各自把子弟送到后秦当人质，请求救援。后秦王姚兴给了他们符节信物，让他们在关东招募士兵，招到几千人，又回来驻扎在彭城一带。

孙恩侵犯临海，临海太守辛景打败了他，孙恩所掳掠的三吴地区男女，几乎死光了。孙恩怕被官军活捉，就投海自杀，他的党羽和妻妾跟着自杀的有上百人，号称“水仙”。剩下的几千人又推举孙恩的妹夫卢循为首领。卢循是卢谌的曾孙，神态清秀，素有才艺。年轻时，僧人惠远曾对他说：“你虽然外表清雅，但内心却藏着不轨的志向，这可怎么办？”太尉桓玄想安抚东部地区，就任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受了任命，却仍然不停地进行劫掠。甲戌日，后燕大赦天下。

河西王秃发利鹿孤病重，下令把国家大事交给弟弟秃发傉檀。当初，秃发思复鞬喜爱看重秃发傉檀，对儿子们说：“傉檀的才能见识，不是你们能比得上的。”所以哥哥们都不把王位传给儿子，而是传给弟弟。利鹿孤在位时，只是清静无为，军国大事都交给傉檀处理。利鹿孤去世后，傉檀继位，改称凉王，改年号为弘昌，迁都到乐都，给利鹿孤上谥号为康王。

夏季四月，太尉桓玄出兵驻扎在姑孰，辞去录尚书事的职务，朝廷下诏同意，但国家大政都要去姑孰向他咨询，小事则由尚书令桓谦及卞范之决定。

自从隆安年间以来，朝廷内外的人都厌烦了祸乱。桓玄刚到京城时，罢免奸佞小人，提拔贤能之士，京城的人都很高兴，希望能稍微安定一点。可不久后，桓玄就变得奢侈放纵，政令反复无常，朋党纷纷兴起，欺辱朝廷，削减皇帝的车马供奉，皇帝几乎要受饥寒，从此大家都感到失望。三吴地区发生大饥荒，户口减少了一半，会稽郡减少了三四成，临海、永嘉郡几乎死光了，富户人家虽然穿着绫罗绸缎，怀揣金玉财宝，却关着门互相看着饿死。

乞伏炽磐从西平逃回苑川，南凉王秃发傉檀把他的妻子儿女还给他。乞伏乾归派炽磐到后秦去朝见，后秦王姚兴任命炽磐为兴晋太守。

五月，卢循从临海进入东阳，太尉桓玄派抚军中兵参军刘裕率领军队攻打他，卢循战败，逃到永嘉。

高句丽攻打宿军，后燕平州刺史慕容归放弃城池逃跑。

后秦王姚兴大规模发动各路军队，派义阳公姚平、尚书右仆射狄伯支等人率领四万步兵骑兵讨伐北魏，姚兴亲自率领大军随后出发，任命尚书令姚晃辅佐太子姚泓镇守长安，没弈干临时镇守上邽，广陵公姚钦临时镇守洛阳。姚平攻打北魏的乾壁，打了六十多天，攻了下来。秋季七月，北魏国主拓跋珪派毗陵王拓跋顺及豫州刺史长孙肥率领六万骑兵作为前锋，自己率领大军随后出发，迎击后秦军队。

八月，太尉桓玄暗示朝廷，以他平定司马元显的功劳封他为豫章公，以平定殷仲堪、杨佺期的功劳封他为桂阳公，连同原来的南郡公封号一起保留。桓玄把豫章公的封号封给儿子桓昻，把桂阳公的封号封给侄子桓俊。

北魏国主拓跋珪到了永安，后秦义阳公姚平派骁将率领二百精锐骑兵侦察北魏军队，长孙肥迎击，把他们全部活捉。姚平撤退，拓跋珪追击，乙巳日，在柴壁追上了他。姚平据城固守，北魏军队包围了他。后秦王姚兴率领四万七千士兵救援，准备占据天渡，运送粮食给姚平。北魏博士李先说：“兵法上说：地势高了会被敌人围困，地势深了会被敌人囚禁。现在后秦军队