千两黄金赎回朱元虎；沮渠蒙逊把朱元虎放回，于是和李暠结盟后返回。

刘裕回到东府，大力整顿水军，派建威将军会稽人孙处、振武将军沈田子率领三千人从海路袭击番禺。沈田子是沈林子的哥哥。大家都认为“海路艰难遥远，肯定很难到达，而且分散现有的兵力，不是眼前急需做的事”。刘裕不听，命令孙处说：“大军在十二月初一定能打败妖贼，到时候你要先捣毁他们的老巢，让他们逃跑都没地方去。”

谯纵派侍中谯良等人到后秦去朝见，请求派兵讨伐东晋。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领二万人侵犯荆州；后秦王姚兴派前将军苟林率领骑兵和他们会合。

江陵自从卢循东下后，就得不到建康的消息，盗贼四起。荆州刺史刘道规派司马王镇之率领天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之进军救援建康。檀道济是檀祗的弟弟。

王镇之到了寻阳，被苟林打败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分给他一些兵力，让他乘胜讨伐江陵，还声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在路上招募旧部和同情自己的人，有二万百姓投奔他。桓谦屯驻在枝江，苟林屯驻在江津，两股贼寇相互逼近，江陵的士人百姓很多都有了二心。刘道规于是召集将士们告诉他们说：“桓谦现在就在附近，听说有些德高望重的人有了离开的想法，我从东边带来的文武官员足够应付事情，如果有人想走，我绝不禁止。”接着在夜里打开城门，到天亮都没关闭。众人都既敬畏又佩服他，没有一个人离开。

雍州刺史鲁宗之率领几千人从襄阳赶到江陵。有人说鲁宗之的心意难测，刘道规却单人匹马去迎接他，鲁宗之很感动，也很喜悦。刘道规让鲁宗之留守江陵，把他当作心腹，自己率领各路军队攻打桓谦。将领们都说：“现在远距离出兵讨伐桓谦，能不能取胜很难说。苟林就在附近的江津，窥伺我们的动静，如果他来攻城，鲁宗之未必能守住；万一有什么闪失，大事就完了。”刘道规说：“苟林愚蠢懦弱，没什么奇计，他知道我离城不远，一定不敢攻城。我现在去攻打桓谦，到了就能攻克；在他犹豫不决的时候，我已经回来了。桓谦失败了，苟林就会吓破胆，哪里还敢来！而且鲁宗之独自守城，怎么会撑不了几天呢！”于是火速进军攻打桓谦，水路陆路同时推进。桓谦等人大规模部署水军，加上步兵骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋，攻破敌阵，桓谦等人大败。桓谦独自乘船投奔苟林，刘道规追击并斩杀了他。返回途中，到了涌口，讨伐苟林，苟林逃走，刘道规派咨议参军临淮人刘遵率领军队追击。起初，桓谦到枝江时，江陵的士人百姓都给桓谦写信，告诉他城内的虚实，想做内应；到这时，这些信被搜了出来，刘道规却把它们全部烧掉，看都不看，众人于是都安定下来。

江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为先锋，多次击败卢循的军队，进军占据豫章，切断了卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵斩杀了苟林。

桓石绥趁着卢循入侵，在洛口起兵，自称荆州刺史；征阳令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据了西城。梁州刺史傅韶派他的儿子魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，把他们都斩杀了，桓氏家族就此灭绝。傅韶是傅畅的孙子。

西秦王乞伏乾归攻打后秦的略阳、南安、陇西等郡，全都攻克了，把二万五千户百姓迁到苑川和枹罕。

九月十七日，北魏把拓跋珪安葬在盛乐金陵，谥号宣武，庙号烈祖。

刘毅坚决请求追击讨伐卢循，长史王诞秘密对刘裕说：“刘毅已经战败，不适合再让他立功。”刘裕听从了他的意见。冬季十月，刘裕率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人南下攻打卢循，让刘毅监管太尉留府，后方事务都委托给他。十月二十七，刘裕从建康出发。

徐道覆率领三万部众直奔江陵，突然到达破冢。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及追回，人心大为震动。有人传言卢循已经平定京城，派徐道覆来做荆州刺史，但江、汉一带的士人百姓感念刘道规焚烧书信的恩德，没有再怀二心。刘道规派刘遵另外率领游击军队，自己在豫章口抵御徐道覆，前锋失利；刘遵从外围横向攻击，大败敌军，斩杀一万多人，跳水淹死的几乎没剩下。徐道覆独自乘船逃回湓口。起初，刘道规派刘遵率领游击军，大家都认为强敌当前，只担心兵力太少，不应分割现有兵力，把军队放在无用的地方。等到打败徐道覆，最终靠了游击军的力量，大家才心服。

鲜卑仆浑、羌句岂、输报、邓若等部落，率领二万户投降西秦。

王仲德等人听说刘裕大军即将到达，在南陵进攻范崇民，范崇民的战舰在两岸屯驻。十一月，刘钟亲自去侦察贼兵，天降大雾，贼兵用钩子钩住了他的船。刘钟趁机率领手下攻打舰门，贼兵急忙关门抵抗。刘钟于是慢慢退回，和王仲德一起进攻范崇民，范崇民逃走。

十一月十七日，益州刺史鲍陋去世。谯道福攻陷巴东，杀死守将温祚、时延祖。

守卫广州的卢循军队没对海道加以防备。十一月十四日，孙处从海路突然到达，正遇大雾，四面攻城，当天就攻下了广州城。孙处安抚当地旧民，杀戮卢循的亲族党羽，整顿军队严密防守，分别派沈田子等人攻打岭南各郡。

刘裕驻军雷池，卢循扬言不攻打雷池，要顺流直下。刘裕