在此前，吴已将一份“辟谣启事”交驻在台北的父亲联系登报。蒋介石得知此举后，表示“此事已经证明”，“不必登报”。吴国桢以“含冤莫白”，分别呈请“行政院”、国民党中央党部，坚辞“政务委员”、中央常务委员两职。1月29日，吴在纽约《民气日报》以公开信形式谈及辟谣事；接着，台湾《中央日报》刊登原送“启事”，并由张其昀函告：“前次总裁指示不必登报，纯出于爱护之意，以为此类无稽之谈，不必与之计较，今兄在纽约侨报既有公开信谈及此事，此间自亦无妨同时发表也。”吴氏在“启事”中宣称：“此次来美，曾经由行政院陈院长批准，以私人所有台币向台湾银行购买美金五千元，作为旅费，此外并未由政府或政府中之任何人员批准拨给分文公款”；自去年10月起，居住于伊利诺州艾凡斯登城一座公寓旅舍中，“房屋二间另一小厨房，内子执炊，桢自洗碗”，“为国服务三十余年，平生自爱，未曾贪污，在此国难当头之际，若尚存心混水摸鱼盗取公帑，实际自觉不侪于人类”。

　　与此同时，吴氏在美国还通过新闻媒介，公开表示：他之所以离开台湾，是由于“健康”和“政治”两个原因，“因为我主张台湾民主化，而别人则认为反共须用共产党的手段”；他深信，“目前的政府过于专权”。

　　对于吴国桢的批评，蒋介石当然不能容忍，也组织了有力的反击。“立法院长”张道藩首先发难，于2月26日、3月4日和12日，三次就此在“立法院”会议上向“行政院”提出质询。3月17日，“国民代表大会”通过临时动议：“吴国桢身为现任官吏，在美竟发表荒谬言论，诋毁政府，迹近叛国，应予严厉制裁。”该议案要求“政府”：明令撤免吴政务委员职务；彻查其在省主席任内之各种不法行为，依法究办；饬令吴迅即回国，听候查办。蒋介石于同日发布了将吴撤职查办的命令：

　　查该吴国桢，历任政府高级官吏，负重要职责者二十余年，乃出国甫及数月，即背叛国家，诬蔑政府，妄图分化国军，离间人民、政府及侨胞与祖国之关系，居心叵测，罪迹显著，应即将所任行政院政务委员一职，予以撤免，以振纲纪。至所报吴国桢，前在台湾省政府主席任内，违法渎职情事，并应依法彻查究办。

　　同时，国民党中央改造委员会决定，开除了吴国桢党籍。

　　通过修改“临时条款”，蒋介石不仅第三次当选“总统”，还获得了当“终身总统”的“法律保障”，本该高兴一阵子。可这时台湾政坛上一股长期存在的不利于蒋介石独裁统治的暗潮却活跃起来，使他大伤脑筋，以至最后以极端手段解决问题。这股政坛暗潮的代表是雷震和他主持的《自由中国》半月刊。

　　雷震系国民党元老，1917年即在日本由张继等介绍加入国民党。1935年国民党“五全大会”上当选为“中央监察委员”，抗战期间任国民参政会副秘书长，抗战胜利后曾任“政治协商会议”秘书长，是国民党内的开明分子。到台后，曾任“总统府国策顾问”和“国民党中央改造委员会考核设计委员会委员”，负责与滞留海外的“第三势力”联络。使雷震扬名台湾内外的是他长期主持的政论性刊物《自由中国》。《自由中国》半月刊于国民党大陆失败前即由胡适与雷震等人筹办，由胡适为发行人，雷震实际主持的。杂志取名《自由中国》，意在效仿当年戴高乐的《自由法国》，1949年11月20日在台正式出版。

《自由中国》是一群受西方自由民主思想影响较深的人办的刊物，他们在“反共抗俄”问题上与当局有共识，但又不满当局的政治经济措施，希望建立西方的“自由民主的社会”，用胡适的话来说，即要把刊物办成当局的“诤友”。

《自由中国》本其宗旨，创刊以后不断有批评当局腐败的言论，台湾当局虽然恼火，可限于时局，对其采取“容忍”态度，以博取美国的好感。

　　待到台湾局面稍稳，蒋介石地位巩固之后，蒋介石便越发觉得《自由中国》的言论刺耳，必欲除之而后快。

　　1954年，《自由中国》上发表了一篇名为《抢救教育危机》的读者来信，抨击当局教育政策的失误。“蒋中正闻之勃然大怒，说开除雷震党籍好了。”有人说雷震“没有归队，等于没有党籍”，蒋介石愤愤地说：“没有党籍也要开除。”这样，1954年12月28日雷震被“注销党籍”。

　　被开除党籍的雷震不惧怕高压，无丝毫改弦更张的意思，反意欲同当局对抗到底。《自由中国》的矛头所向，也由一些具体社会问题转向了“反攻”、“法统”等国民党当局不许讨论的“禁止”，甚至指向蒋介石本人。