军与义军联合抗日的体制。

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稍有恢复，台南军民主动迎战，继续北上御敌，以求将战线尽可能推进到台中。新任前敌指挥杨泗洪积极准备，克日率军前出，以期驱逐倭寇。

杨泗洪(1848—1895年)，字锡九，江苏宿迁人。出身于拳技世家，早年投效湘军，积功保至游击。1874年随刘铭传赴台，担任营官。沪尾一战中，杨泗洪“率部挫其锋，敌为却”。累升至记名简放提督，赏“硕勇巴图鲁”勇号，署台湾镇总兵。1891年，邵友濂任巡抚，尽废前任之政，裁撤防军，竟将杨泗洪降为营官。

及日军侵台，杨泗洪决心守土不去，现在又奉命节制黑旗前敌诸军，杨泗洪对刘永福的知遇和信任感泣不已，对推荐自己的吴桐林说：“我当以身报大将军知遇之恩，庶不负先生牙齿力（推荐之功）也。”

9月初，杨泗洪率黑旗军和义军拔营北上。

3日，黑旗军进至嘉义北打猫庄，打探到日军占据大莆林街内。下午1时半，杨泗洪下令将大莆林围住。

驻守大莆林的日军近卫骑兵大队和近卫步兵第一联队第二大队，突然“遇警”，急忙商讨对策，敏感地意识到当务之急是“须确保后方的交通”，黑旗军若袭击他里雾，则此处“与后方的联系必定完全断绝”。

步兵第八中队立刻突围奔向他里雾，以回护后方，但途中即遭到黑旗军的堵截。日军伤亡多人之后，只好伏在水田里，待日落后逃出，连夜奔向他里雾。路上遇到三名他里雾奔来的通信骑兵，才知道猜中了：杨泗洪正是釆取声东击西之计，佯攻大莆林，而派黄荣邦乘虚袭击他里雾，包围了日本通信骑兵队。日本骑兵“知寡不敌众，便锁住神庙大门坚守”，[《日清战争实记》]被黄荣邦亲自用大斧劈开大门，义军冲入猛烈击杀敌人，仅有三人活命逃出。第八中队得知他里雾被占，慌忙乘夜又返回大莆林。

4日，没了吃的，第八中队又出动到各村抢粮，抢完后即杀人烧庄。然后，绕过他里雾，与莿桐港的第六中队会合。会合后互相壮壮胆，再组织运输队，由莿桐港往回运送，不料还是在他里雾附近遭到黑旗军和义军的袭击，除二人逃回外，悉数被歼。[《日清战争实记》]

至5日夜，在大莆林的日军已被围困整整三昼夜，与后方的联系已断，半点接济全无，只好决定北撤。

6日晨，日军刚作好撤退的准备，黑旗军和义军即对大莆林发起了总攻。

据日方记载：黑旗军“从嘉义城运来山炮(两门)，以炮击激励士气，弹着亦甚良好。”

激战两个小时，日本士兵携带的子弹几乎都已打光（据统计，当天日兵发射的子弹平均约为每人三百六十发），慌乱向北突围。

杨泗洪率军追击，欲生擒殿后的日本军官，脚部中弹，仍奋力追击不停，不幸腹部又中一弹，被部下救回后，延至8日，溘然长逝。

杨泗洪一惯“每战必先”，刘永福感到极不放心，临行前，告诉他要注意保护自己，“诫其自重”。杨泗洪说：“我如驱饥羊，搏饱虎，利在速战，机在勇决。我苟不先，士气少沮，无能为也。”

将军一去，终于以生命回报了知遇之恩，尽了守土保国的天职。只可惜终于能统军杀敌，却壮志未酬。本来是一将难求，而黑旗军痛失一员勇将，再遭一大挫折。

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管带朱乃昌抢回受伤的杨泗洪，回身力战，继续组织追击，黄荣邦、林义成也带队来援，乘势一举攻过大莆林，众人前仆后继、不顾生死，杨乃昌也在这场血战中阵亡。

此战之后，日军经他里雾奔回莿桐港，又渡过浊水溪，直至北斗镇才停下脚步。分散于前线的其他日军也大面积地后退，以至连台中的云林县都不敢待了。

此后，双方就在浊水溪隔溪对峙。

都司萧三发接替担任前敌指挥，黑旗军巧妙利用地形，暗筑工事设立障碍，敌人数度窜犯均告失利，才知道厉害。“溪中一带沙漠（沙滩），数里无人居处，中多蔗园、林投、芦苇，可为埋伏之所。沙埔暗埋竹钉，桶上铺竹木，马军多陷于泥淖，人马死者甚多。”

近一个月，日军只是“日间越溪而战，夜间即退驻北斗”，不敢过分前出或停驻。

而黑旗军和义军也不断前出袭扰，一度深入到彰化附近，弄得日军十分紧张，以为要有反攻。

但是，台南的粮饷不继，兵力也得不到补充，已经无力再进一步发动攻势。十月上旬，日军开始大举进攻，台南的形势便急转直下，毫无挽回之术了。

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当黑旗军与日军相持于浊水溪之际，日军组成了南进军司令部，任命副总督高岛鞆之助中将为司令官，策划大举南侵。