除近卫师团，日军调来了第二师团全部。著名的“肉弹攻击专家”乃木希典来了。4月份，乃木刚刚晋升为陆军中将，特封为男爵，由第一师团的第一旅团长升调为第二师团长，这个疯子的干劲当然是十足了。

到此，保守估计（除去病员外）日军用于南进的总兵力达到了四万，并有联合舰队配合。

请注意：这个规模，都已经接近辽东奉天南路的用兵数量了。要来对付的，还不是那十几万清军。

日军制定的计划是：

一部为北白川能久亲王率领的近卫师团全部，一万五千人，自彰化经嘉义县，由陆路直扑台南的正面。

另一大部，为乃木希典中将率领的陆军第二师团全部，主力约二万五千人，由海路开向台南。

其中，伏见贞爱率第二师团第四旅团，从基隆登船，在台南前侧面布袋嘴港登陆。

山口素臣率第二师团第三旅团，从现驻地大连湾登船，从台南的后背面枋寮港登陆。

乃木师团长及第二师团司令部也从基隆登船，在中部的中港或枋寮港登陆。

总指挥高岛中将率领南进军司令部，从中部布袋嘴港登陆。

海军准备炮击两所登陆地点，并预定攻击安平、打狗各要港。[《台湾抗战日方资料》，《中日战争》(6)]

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根据南进军司令部的部署，近卫师团先行一步，向台南府的嘉义进兵。

9月29日，师团即发布命令，兵分三路：

中路，以川村景明少将率步兵第一联队及骑兵大队部分人马为前卫，从北斗出发，经莿桐港、他里雾、大莆林、打猫堡，向嘉义前进；北白川率司令部及本队，在前卫之后跟进。

右翼，坂井重季大佐的步兵第二联队主力和部分骑兵炮兵分队，经西螺街、土库、新街，从西路进逼嘉义；

左翼，内藤正明大佐的步兵第四联队主力及部分骑兵炮兵分队，经树仔脚、云林县、火烧庄，从东路包围嘉义。