4年之后，1899年11月29日，刘永福又被任命为总兵，“光绪二十五年己亥，十月辛丑。以前广东南澳镇总兵刘永福为河南南阳镇总兵官。”为啥又想起这位老将来了呢？

史料中未讲。但是，记载却明明显示：自甲午后，除了忙着裁汰勇营，官兵就一直忙着剿灭各地大大小小的流匪，却越剿越多，史料中皇上处理的这类奏折的记录越来越稠密，此前一天的28日，皇上又担心啦，地方上竟然闹起了大刀会、红拳会等民间组织，“十月，庚子。谕军机大臣等，近闻山东地方有大刀会、红拳会，各种名目，多系不逞之徒，藉闹教为名，结党横行，欺压良善。地方文武弹压缉捕俱不得力……”[《清实录》]

实际上，对大清王朝的挑战又来了，我们都知道，中国大地上正酝酿着一场巨变。

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刘永福乘英国商船离开的第二天，10月20日，日本吉野、浪速、大和、秋津洲四舰进入安平港内，发现炮台并不发炮还击。21日凌晨1时，台南东门外教堂的英国传教士巴克雷等，至二层行村日军第二师团前哨报信：刘永福已经离台。同时，沿海岸前进的右翼支队派人送来海军所得的消息，也证实了巴克雷等的报告。

本来日军还在研究和准备，决定23日发动总攻，这下省了。

乃木希典把一大堆计划图表卷起来，命令前卫司令官山口素臣提前占领台南。

21日黎明，山口率队自二层行村附近的宿营地出发，从小南门进入台南府城。

台南陷落。

全台陷落。

存在了一百四十九天，抗争了一百四十九天的台湾民主国，终告灭亡。

大清王朝早就忙于裁撤仓促动员起来的数量庞大的勇营，无暇顾及而由台湾孤身延续的中日甲午之战，终于落下了帷幕。

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台湾，隔一道海峡，孤悬东南。

直到近代，大清王朝在外敌四面入侵的情况下，才发现台湾的重要地位和价值，意识到“台湾稳，则东南安”这个至理。

然而，首任巡抚刘铭传建设台湾的宏大计划刚刚实施十年，一切刚刚起步，便被日本人打断。大清虽然先后击退过英法日各国的侵略行动，但全国的国防上驰怠，台湾又有什么建树？有事几乎主要靠内地，无事则少有人筹划，台湾没有建立起相当强固的防御。

实际上，是没有建立起能够充分自给、独立支撑的防御。

到甲午战败，台湾被迫割让。

台湾陷入了五十年的被异族统治的亡国奴地位。

日本这个年轻暴发户的轻易得手，更刺激了列强的巧取豪夺，这使得中国版图进一步陷入被瓜分的境地。

从长远看，这还使得日本在中国东南沿海打下一个巨大的基地，直接窥视中国软腹部。后来的侵华战争，相当一部分军队、物资是从台湾转运的。

但台湾失败了吗？抗争停止了吗？

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实际上，日本付出了巨大的代价，终于实现了据有台湾这个长期以来的梦想。

为了台湾，日本先后动员了5万多人，死伤无数，至今说者不一。据有关研究结果，侵台之役中，“日军所公布阵亡的人数为4806人，其中战死者仅占164人，其余的4642人皆为因病而死亡的，除此之外更有21748人送回日本就医，留在台湾医院的亦有5246人。”[井出季和太《日据下之台政——卷一》]

况且就是这个“公布的数字”，也有相当大的水分在里边。日军的战报，向来有缩小己方损失，夸大敌人损失的优良传统。

10月27日，兴冲冲的桦山资纪发布告示声称：“台湾全岛已全部平定。”11月18日，桦山又正式向参谋本部报告“台湾全岛平定”。

但是，他高兴得未免太早了。

日本军队虽然占领了整个台湾，但是从台湾各族人民中兴起的反抗斗争仍然接连不断。领导群众起义的著名人物在最初几年间就先后有林大北、陈秋菊、柯铁、简大狮、詹阿瑞等人。

不过，这些起义斗争全部被残酷镇压下去，而且使用的是无差别烧光杀光的恐怖罪恶手段。从1895年的5月26日至翌年3月，据日人估数，抗日军死亡的人数大约7万8千余名，这和日军战死的人数简直有天壤之别，就可以知道日军在镇压抗日军中普遍存在的屠杀虐杀行为。[据《日本赤十字社台湾支部初期之研究（1895-1906）》]

日本人不得不采取更为残暴的手段，始终无法建立什么与内地相同的制度，也就是说，无法完全将台湾同化和纳入日本社会，虽然李登辉、吕秀莲之流十分想念和涕零日本的奴役。这都源于台湾人民的不断起义